Byť lze na Cínovci a jeho okolí najít místa, která byla v minulosti negativně ovlivněna, jedná se o místo, které je z pohledu ochrany přírody a krajiny významné.
Důlní činnost měla v minulosti stěžejní vliv především a pozůstatky po těžbě jsou patrné dodnes, ale jsou již včleněny do krajiny natolik, že, až na výjimky, nepůsobí rušivým dojmem a neznalý pozorovatel je ani nemusí odhalit. Dokonce z některých oblastí se časem stala zajímavá a ekologicky cenná místa. Po imisní katastrofě, která oblast postihla v 80. letech 20. století, jsou v okolí smrkové monokultury nebo holiny po odumřelých či vykácených stromech. Místo původních druhů zde byly z důvodu lepší adaptability vysázeny nepůvodní dřeviny (různé druhy smrků a borovic, modřín, olše), z nichž některé se ukázaly jako zcela nevhodné (smrk pichlavý). Nepůvodní druhy jsou postupně nahrazovány a osazovány druhy přirozenými (smrk ztepilý, buk, jedle).
Některá místa jsou záměrně ponechána jako žádoucí bezlesí. Postupné zarůstání otevřených ploch vede k nežádoucí eliminaci některých biotopů. Především o vhodné biotopy pro tetřívka obecného (Tetrao tetrix), který je hlavním předmětem ochrany ptačí oblasti Východní Krušné hory. Tetřívek vyhledává především právě otevřené plochy s nízkou vegetací (borůvčí a jiné bobuloviny) s nezapojenými solitérními stromy v sousedství listnatých, smíšených i jehličnatých lesů. Náhradním biotopem tetřívka můžou být bývalé hospodářské plochy (louky, pastviny) v sousedství rašelinišť, které mohou sloužit jako tokaniště a potravní biotop. V současnosti probíhají snahy udržovat současné otevřené plochy a podporovat vhodný vodní režim na vybraných území, kde se tetřívek vyskytuje.
Zároveň na několika místech v okolí Cínovci jsou revitalizována rašeliniště, která byla dříve cíleně odvodňována, a tím se zvyšuje retenční schopnost krajiny a podporuje biodiverzita.
CHRÁNĚNÁ ÚZEMÍ
Krušné hory jsou jako celek hodnotné především kvůli pestrosti porostů, unikátním biotopům a stanovištím ptáků. Z obecně chráněných území se v oblasti Cínovce nalézá přírodní park Krušné hory a přírodní památka Cínovecký hřbet. Nenalézají se zde zatím žádné velkoplošně zvláště chráněná území (národní parky, chráněné krajinné oblasti). Ze zvláště chráněných území jsou zde přírodní rezervace Rašeliniště U Jezera-Cínovecké rašeliniště. V rámci systému Natura 2000 zde najdeme evropsky významnou lokalitu Východní Krušnohoří a ptačí oblast Východní Krušné hory. Vyhlášení CHKO Krušné hory je již několik let předmětem odborné diskuze.
Přírodní park Krušné hory byl vyhlášen v roce 1995 a rozprostírá se ve východní části Cínovce u hranic v průměrné výšce zhruba 700 m n.m. Jeho celková plocha je 4000 ha a hlavním předmětem ochrany je typický ráz horských hřebenů s lesními prosty, horskými a rašelinnými loukami, charakteristickou flórou a faunou. Na území přírodního parku se nalézají přírodní rezervace Černá louka a Špičák u Krásného Lesa. Z rostlin zde najdeme rdesno, suchopýr, koprník, lilii cibulkonosou, různé druhy ostřic a sítin, vachtu trojlistou, prhu arniku, hvozdík lesní, upolín, oměj, kosatec sibiřský, prstenec májový, měsíčnici vytrvalou, podbílek šupinatý a starček Fuksův. Z ptáků zde sídlí skorec a vzácně i ledňáček, čáp černý a výr veliký.
Přírodní památka Cínovecký hřbet
Přírodní památku Cínovecký hřbet vyhlásil Ústecký kraj nařízením v roce 2019. Předmětem ochrany je komplex zčásti člověkem ovlivněných přechodových rašelinišť, rašelinných a podmáčených smrčin v severovýchodní části Zadního Cínovce. Vyskytují se zde zvláště chráněné a vzácné druhy rostlin (rosnatka okrouhlolistá, prstnatec, vítod douškolistý, všivec lesní, klikva bahenní, rašeliník střecholistý) a živočichů (tetřívek obecný, lesklice horská, šípověnka vachtová, vakonoš horský).
Evropsky významná lokalita Východní Krušnohoří se rozprostírá v nadmořské výšce 280 až 877 m n.m. na východních svazích Krušných hor (od Tisé až k Jirkovu). Velkou část lokality zabírají acidofilní bučiny, doplněné o dubohabřiny a květnaté bučiny. Významnou částí území tvoří také horské a podhorské louky, pastviny, rašeliniště a vřesoviště, které jsou domovem mnoha ohrožených druhů živočichů a rostlin. Mezi významná rašeliniště patří Grünwaldské vřesoviště nedaleko přehrady Fláje nebo Georgenfelder Hochmoor u Zinnwaldu, které přechází v Cínovecké rašeliniště. Obě rašeliniště jsou samostatně chráněné jako přírodní rezervace a evropsky významná lokalita. Ze vzácných druhů rostlin se zde vyskytuje například koprník štětinolistý (Meum athamanticum), upolín nejvyšší (Trollius altissimus), kosatec sibiřský (Iris sibirica), prstnatec májový (Dactylorhiza majalis), vrba plazivá (Salix repens), prha arnika (Arnica montana), kociánek dvojdomý (Antennaria dioica), bříza pýřitá (Betula pubescens) či mlečivec alpský (Cicerbita alpina). Z živočišných druhů se zde vyskytuje například tetřívek obecný (Tetrao tetrix), bekasina otavní (Gallinago gallinago), chřástal polní (Crex crex), čáp černý (Ciconia nigra).
Ptačí oblast Východní Krušné hory byla vládou ČR vyhlášena v roce 2004. Oblast leží podél česko-německé hranice v nadmořské výšce 800-956 m n.m., tedy ve vrcholových partiích hor. Jde o zhruba čtyřicetikilometrový pás od Tisé po Mníšek u Nové Vsi v Horách o celkové rozloze 163,7 km2 (zahrnuje i vodní nádrž Fláje). Na území ptačí oblasti se vyskytují specifická společenstva ptáků. Předmětem ochrany je tetřívek obecný (Tetrao tetrix) a jeho biotop. Vedle tetřívka se zde vyskytuje dalších 11 druhů ptáků, například bekasina otavní.
Přírodní rezervace/Evropsky významná lokalita Rašeliniště U jezera – Cínovecké rašeliniště jsou v podstatě dvě sousedící aktivní rašeliniště rozvodnicového typu o celkové rozloze 60,1367 ha (z nichž 22,2776 ha zaujímá ochranné pásmo) ve vrcholových partiích hor (837-872 m n.m.). Rašeliniště jsou dnes od sebe oddělena silnicí vedoucí z Cínovce na Vitišku, nicméně dříve se jednalo o komplex a dosud spolu hydrologicky souvisí. Předmětem ochrany jsou jak samotná rašeliniště, tak rašelinný les na nich. Jde o acidofilní smrčiny, ve kterých se vyskytuje mnoho vzácných druhů rostlin (rosnatka okrouhlolistá, klikva bahenní, šicha černá a rojovník bahenní), bezobratlých živočichů (lesklice horská, lesklice severská, tesařík pižmový, krasec lesní, střevlíci, drabčíci) i ptáků (tetřívek obecný, bekasina otavní). Přírodní rezervace byla vyhlášena 1.3.2001 a v hranicích rezervace byla 3.11.2009 vyhlášena evropsky významná lokalita.
Rašeliniště U Jezera představuje ojedinělou a netypickou formu mimořádně zachovalého otevřeného vrchoviště. Vegetace, která je trvale zamokřena, na něm vykazuje značnou přechodovost k rostliným společenstvím vrchovištních šlenků. Vegetačnímu krytu dominují rašeliníky, v bylinném patře pak dominuje vzácná rosnatka okrouhlolistá (Drosera rotundifolia), vzácná klikva bahenní (Oxycoccus palustris), vzácná šicha černá (Empetrum nigrum), vzácný rojovník bahenní (Ledum balustre), suchopýr úzkolistý (Eriophorum angustifolium). V podrostu rostou hojně rašeliništní keříky a byliny. Vrchoviště obklopují staré porosty vzácné borovice rašelinné (Pinus x pseudopumilio) a kleče (Pinus mugo), méně se pak vyskytuje smrk ztepilý (Picea abies) a borovice blatka (Pinus rotundata). Tento pruh je obklopen rašelinnými smrčinami, v nichž se nejvíce vyskytuje smrk ztepilý a vzácná bříza pýřitá (Betula pubescens). Stále je však hojně zastoupen i nepůvodní smrk pichlavý (Picea pungens).
Pro Cínovecké rašeliniště jsou typické porosty borovice rašelinné a kleče, které jsou obklopené rašelinou smrčinou. Druhy jsou zde zhruba stejné jako na Rašeliništi U jezera, jsou zde ale hojně zastoupeny přechodová sukcesní stádia s dominantní břízou pýřitou (rašelinné březiny). Ty vznikly v důsledku úhynu smrků z důvodu imisní katastrofy v 80. letech 20. století.
Největším problémem rašelinišť jsou odvodňovací opatření, vzniklá v minulosti především v souvislosti s těžbou rašeliny. Díky opětovnému zavodnění se na mnoha místech podařilo obnovit původní stav, což se týká hlavně Cínoveckého rašeliniště.
